Den ekologiska ekonomins grundtanke är att mänsklig ekonomisk verksamhet är begränsad av planetens absoluta gränser. Dessa gränser är dock inte helt fasta, eftersom de bestäms gemensamt av: (1) (fasta) "planetära gränser" (Rockström et al. 2009) och (2) (dynamiska) sociala faktorer, såsom värderingar, institutioner osv. Ekonomin betraktas som ett delsystem som är inbäddat i de större systemen samhället och biosfären. Betoningen av termodynamikens betydelse för ekonomin är kärnan i detta synsätt och är också avgörande för den ekologiska ekonomins historiska grund. Detta exemplifieras av Nicholas Georgescu-Roegens banbrytande bok The Entropy Law and the Economic Process (1971). I motsats till den neoklassiska ekonomin fokuserar den ekologiska ekonomin alltså inte bara på frågor om effektivitet och fördelning, utan gör det också mot bakgrund av den materiella genomströmningens storlek. Dessutom betonas följande frågor: institutioner, maktförhållanden, osäkerhet och okunskap. I detta sammanhang analyseras samspelet mellan ekonomi, samhälle och miljö, samtidigt som man alltid har målet om en övergång till hållbarhet i åtanke.
